با وجود محبوبیت گسترده سرکه سیب، متخصصان هشدار می‌دهند استفادهٔ بیش از حد یا بدون رقیق‌سازی آن می‌تواند به عوارض جدی از جمله فرسایش دندان، سوختگی مری و اختلال در تعادل الکترولیت‌ها منجر شود.